<div dir="ltr">Hi Em,<div><br></div><div>I think the members at OSC are pretty busy with a fairly large downtime currently, so I'll try to answer this. Good news is that it isn't due to a problem with your implementation of the interactive Jupyter app. Back when I wrote that portion of the code, I just forgot to document that netcat is a requirement for Interactive Apps to work out of the box (I made the incorrect assumption that it will exist in most standard installations). The relevant snippet of code where netcat is used can be seen here:</div><div><br></div><div><a href="https://github.com/OSC/ood_core/blob/a87f59ea9d24cdcbe505c9ab859bcb120bae9951/lib/ood_core/batch_connect/template.rb#L120-L126">https://github.com/OSC/ood_core/blob/a87f59ea9d24cdcbe505c9ab859bcb120bae9951/lib/ood_core/batch_connect/template.rb#L120-L126</a><br></div><div><br></div><div>In particular, netcat is used in a Bash function to determine if a port on the compute node is being used. This is used to not only find available ports for an interactive application server to listen on:</div><div><br></div><div><a href="https://github.com/OSC/bc_example_jupyter/blob/94d29b4ba705cfe3b17df8ce78f584a4a2f986c5/template/before.sh.erb#L32-L33">https://github.com/OSC/bc_example_jupyter/blob/94d29b4ba705cfe3b17df8ce78f584a4a2f986c5/template/before.sh.erb#L32-L33</a><br></div><div><br></div><div>but also to wait until the interactive application server is fully launched and listening on this port before creating the "Connect to Jupyter" button for the user to connect to:</div><div><br></div><div><a href="https://github.com/OSC/bc_example_jupyter/blob/94d29b4ba705cfe3b17df8ce78f584a4a2f986c5/template/after.sh#L4-L12">https://github.com/OSC/bc_example_jupyter/blob/94d29b4ba705cfe3b17df8ce78f584a4a2f986c5/template/after.sh#L4-L12</a><br></div><div><br></div><div>In fact, it is this latter snippet of code where you are seeing the timeout occur. That Bash function `port_used()` in the first link is failing to detect any port in use without netcat installed.</div><div><br></div><div>You have a few options to choose from for resolving this, take your pick:</div><div><br></div><div>- install netcat on the compute nodes (easiest)</div><div>- override the Bash function `port_used()` in your `template/before.sh.erb` script before the `find_port` function is called with your own implementation that doesn't use netcat (medium difficulty, note that it isn't documented but there is a way to make this a global override for all interactive apps)</div><div>- remove the timeout conditional in the `template/after.sh` script and just sleep an appropriate amount of time until you are sure the interactive server is running (easy, but possibly bad user experience)</div><div><br></div><div>-Jeremy Nicklas</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Thu, Oct 25, 2018 at 10:08 AM E.M. Dragowsky via OOD-users <<a href="mailto:ood-users@lists.osc.edu">ood-users@lists.osc.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default">Greetings --<br><br></div><div class="gmail_default">In implementation of the Jupyter app, I have indications that nc is necessary for connections to compute nodes. The install documentation indicates that it may be used to test that reverse proxy connections are successfully configured (3.3 Verify it works)<br><br></div><div class="gmail_default">The compute nodes in our cluster (rhel7) do not have the 'nmap-ncat' package installed. When the package is installed, connections succeed. Without the package -- the connection times-out. <br><br>I've done this on a subset of our nodes, and am preparing a 'change request' to have the 'nmap-ncat' package installed on all the nodes. Please let me know if I am only seeing part of the picture, or if what I describe indicates other problems with my implementation of the interactive jupyter app.<br><br></div><div class="gmail_default">Thanks,<br clear="all"></div><div class="gmail_default">~ Em</div><br>-- <br><div class="m_-2688662658773989422gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><span style="font-family:"comic sans ms",sans-serif;font-size:small">E.M. Dragowsky, Ph.D.</span><br></div><div><font face="comic sans ms, sans-serif" size="2">Research Computing -- UTech</font></div><div><font face="comic sans ms, sans-serif" size="2">Case Western Reserve University<br></font></div><div><font face="comic sans ms, sans-serif" size="2"><a href="tel:(216)%20368-0082" value="+12163680082" target="_blank">(216) 368-0082</a></font></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
_______________________________________________<br>
OOD-users mailing list<br>
<a href="mailto:OOD-users@lists.osc.edu" target="_blank">OOD-users@lists.osc.edu</a><br>
<a href="https://lists.osu.edu/mailman/listinfo/ood-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.osu.edu/mailman/listinfo/ood-users</a><br>
</blockquote></div>