<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family: comic\ sans\ ms, sans-serif;">OK -- part 2 of my message is attributed to the slurmdbd service stopping.<br></div><div class="gmail_default" style="font-family: comic\ sans\ ms, sans-serif;">Our slurm began experiencing an event reported earlier in this note:<br><span id="gmail-:to.co" class="gmail-tL8wMe gmail-EMoHub" style="text-align:left" dir="ltr"><a rel="nofollow noreferrer noopener" target="_blank" href="https://www.google.com/url?q=https://bugs.schedmd.com/show_bug.cgi?id%3D2066&sa=D&source=hangouts&ust=1538257248232000&usg=AFQjCNHPfW7HzDgAxRwb-RwYobMxX7qeGg" class="gmail-Xx" tabindex="-1" dir="ltr">https://bugs.schedmd.com/show_bug.cgi?id=2066</a></span><br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family: comic\ sans\ ms, sans-serif;">Effectively, 37GB of "packmem" "pack32" "pack16" errors written starting at 14:51pm today were generated and brought down the service by 15:30.<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family: comic\ sans\ ms, sans-serif;">Monday I'll resume with understanding how to manage the password for the Jupyter app -- and keep a careful eye on the interaction with slurmdbd....<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Sep 28, 2018 at 4:49 PM, Shawn Doughty <span dir="ltr"><<a href="mailto:shawn.doughty@tufts.edu" target="_blank">shawn.doughty@tufts.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class=""><div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>You mean jupyter notebook? I used the 
regular batchconnect version from OOD git and then just tweaked a couple
 of settings using native slurm connection. This shouldn't have to go 
over TurboVNC?   Happy to send you a copy of our setup here.  Users are 
really liking jupyter, the only thing I noticed is it has a tendency to 
barf when running out of memory which is why we give users the choice to
 pick cores and memory.</div></div><br></span><div><div class="h5"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Fri, Sep 28, 2018 at 4:49 PM Shawn Doughty <<a href="mailto:capsaicin420@gmail.com" target="_blank">capsaicin420@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>You mean jupyter notebook? I used the regular batchconnect version from OOD git and then just tweaked a couple of settings using native slurm connection. This shouldn't have to go over TurboVNC?   Happy to send you a copy of our setup here.  Users are really liking jupyter, the only thing I noticed is it has a tendency to barf when running out of memory which is why we give users the choice to pick cores and memory.<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Fri, Sep 28, 2018 at 4:25 PM E.M. Dragowsky <<a href="mailto:dragowsky@case.edu" target="_blank">dragowsky@case.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div>
<div dir="ltr">
<div class="gmail_default"></div>
<div class="gmail_default">Hi, everyone --<br>
<br>
</div>
<div class="gmail_default">My Jupyter development app is now configured and functional, such that the app launches and connects to the compute node I have provisioned with TurboVNC and websockify (still testing).<br>
<br>
</div>
<div class="gmail_default">Being after 4pm local time, I have two problems that are preventing the actual connection.<br>
</div>
<div class="gmail_default">--  After launching a session, a "Connect to Jupyter" button is presented.  After clicking through, I don't know how to satisfy the password request in the browser window. Post connection
 documentation doesn't make enough sense to me.<br>
<br>
</div>
<div class="gmail_default">--  Perhaps related to my failed password attempts, I'm now also experiencing a database connection error preventing any further evaluation:<br>
 
<pre>sbatch: error: slurm_persist_conn_open_<wbr>without_init: failed to open persistant connection to smaster:6819: Connection refused
sbatch: error: slurmdbd: Sending PersistInit msg: Connection refused
sbatch: error: slurm_persist_conn_open_<wbr>without_init: failed to open persistant connection to smaster:6819: Connection refused
sbatch: error: slurmdbd: Sending PersistInit msg: Connection refused
sbatch: error: slurmdbd: DBD_GET_CLUSTERS failure: Connection refused
sbatch: error: Problem talking to database
sbatch: error: There is a problem talking to the database: Connection refused.  Only local cluster communication is available, remove --cluster from your command line or contact your admin to resolve the problem.</pre>
<br>
</div>
<div class="gmail_default">smaster is the name of my cluster, and we're using slurm.<br>
</div>
<div class="gmail_default"><br>
Thanks in advance<br>
</div>
<div class="gmail_default">~ Emily<br clear="all">
</div>
<br>
-- <br>
<div class="m_-6092752929634890764m_-8431690907143308282gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div><span style="font-family:"comic sans ms",sans-serif;font-size:small">E.M. Dragowsky, Ph.D.</span><br>
</div>
<div><font face="comic sans ms, sans-serif" size="2">Research Computing -- UTech</font></div>
<div><font face="comic sans ms, sans-serif" size="2">Case Western Reserve University<br>
</font></div>
<div><font face="comic sans ms, sans-serif" size="2">(216) 368-0082</font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div></blockquote></div><br clear="all"><br></div></div>-- <br><div dir="ltr" class="m_-6092752929634890764gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">
<span style="font-family:"Segoe UI",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.6px">Shawn G. Doughty</span><br style="font-family:"Segoe UI",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.6px">
<span style="font-family:"Segoe UI",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.6px">Manager - Research Computing</span><br>
<span dir="ltr"><font face="Helvetica"><span style="font-weight:normal;font-variant:normal;text-transform:none"><span style="font-family:"Segoe UI",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.6px">Tufts Technology Services (TTS)</span></span></font></span><br>
</div><div dir="ltr"><span><span style="font-family:"Segoe UI",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.6px"></span>Research Technology (RT)<br></span></div><div dir="ltr">16 Dearborn Road<br>
Somerville, MA 02144<br style="font-family:"Segoe UI",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.6px">
<span style="font-family:"Segoe UI",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.6px">617-627-5462<br>
</span><a href="https://exchange.tufts.edu/owa/redir.aspx?C=I4ijzFrF9U-qoUscfQAAw3PH17xA188ItQ-l2VPx05symHhOFT2FNSr8FiNXjMnyEtzrTlLLj-Q.&URL=http%3a%2f%2fit.tufts.edu%2f" style="font-family:"Segoe UI",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13.6px" target="_blank">http://it.tufts.edu/</a></div></div></div></div></div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
OOD-users mailing list<br>
<a href="mailto:OOD-users@lists.osc.edu">OOD-users@lists.osc.edu</a><br>
<a href="https://lists.osu.edu/mailman/listinfo/ood-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.osu.edu/mailman/<wbr>listinfo/ood-users</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><span style="font-family:"comic sans ms",sans-serif;font-size:small">E.M. Dragowsky, Ph.D.</span><br></div><div><font size="2" face="comic sans ms, sans-serif">Research Computing -- UTech</font></div><div><font size="2" face="comic sans ms, sans-serif">Case Western Reserve University<br></font></div><div><font size="2" face="comic sans ms, sans-serif">(216) 368-0082</font></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>