
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">We had some discussions about this, ranging from adding a punch out to our existing Galaxy server, to questions about the value of per-user Galaxy when we already have a lot of users. We count SUs, so there is also the philosophical question about whether sitting thinking in front of the Galaxy interface (submitted as a batch job) should burn SUs (seems perfectly OK once you make up your mind and submit a job to do something.) There is also the network part about getting through the back-end network gracefully for modules that need Internet access.<div class=""><br class=""></div><div class="">It would be OK for us just to add an item to some OOD menu to redirect to the existing service. Handling authentication to Galaxy using credentials that may be available in a user's OOD context would be cool if possible, but the convenience of having OOD as a focal point for all portal-like services may be enough of a reason to just add a link as a menu item for now.<br class=""><div class=""><br class=""></div><div class="">Rick</div><div class=""><br class=""><div class="">

<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class="">——<div class="">Donald F. (Rick) McMullen, Ph.D.</div><div class="">Associate Director<br class="">High Performance Research Computing<br class="">Division of Research</div><div class=""><br class="">222 Jones Street, Rm. 107<br class="">3361 TAMU<br class="">College Station, TX 77843-3361<br class=""><br class="">Tel. +1 979.458.8414</div><div class=""><a href="mailto:mcmullen@tamu.edu" class="">mcmullen@tamu.edu</a></div><div class=""><a href="http://hprc.tamu.edu" class="">http://hprc.tamu.edu</a></div></div></div></div>

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<div><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Apr 27, 2018, at 10:39 AM, Franz, Eric <<a href="mailto:efranz@osc.edu" class="">efranz@osc.edu</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Shawn,<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">I’ve started investigating options for supporting Galaxy at OSC, and it is our preference is to have it integrated into OnDemand.<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Some thoughts include:<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><ol start="1" type="1" style="margin-bottom: 0in; margin-top: 0in;" class=""><li class="MsoListParagraph" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">Lots of users are interested in sharing histories, datasets, workflows, etc. and so a shared database for these users would be preferred. SQLite3 over NFS is not ideal for this, and other options require some setup up front for each Galaxy user. There are many other questions regarding using Galaxy in the per-user model.<o:p class=""></o:p></li><li class="MsoListParagraph" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">It might be possible to have multiple Galaxy instances use the same database (i.e. per user Galaxy), but it is possible that Galaxy doesn’t officially support “horizontal scaling” yet.<o:p class=""></o:p></li></ol><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Are you (or anyone else) interested in any level of involvement with this effort?<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Thanks,<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Eric<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div class=""><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">---<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Eric Franz, Senior Web & Interface App Engineer<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Ohio Supercomputer Center<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">An Ohio Technology Consortium (OH-TECH) Member<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">1224 Kinnear Road<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Columbus, OH 43212<o:p class=""></o:p></div></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">email:<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:efranz@osc.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">efranz@osc.edu</a><o:p class=""></o:p></div><div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(181, 196, 223); padding: 3pt 0in 0in;" class=""><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><b class=""><span style="font-size: 12pt;" class="">From:<span class="Apple-converted-space"> </span></span></b><span style="font-size: 12pt;" class="">OOD-users <<a href="mailto:ood-users-bounces@lists.osc.edu" class="">ood-users-bounces@lists.osc.edu</a>> on behalf of Shawn Doughty <<a href="mailto:shawn.doughty@tufts.edu" class="">shawn.doughty@tufts.edu</a>><br class=""><b class="">Reply-To:<span class="Apple-converted-space"> </span></b>User support mailing list for Open OnDemand <<a href="mailto:ood-users@lists.osc.edu" class="">ood-users@lists.osc.edu</a>><br class=""><b class="">Date:<span class="Apple-converted-space"> </span></b>Monday, April 23, 2018 at 11:44 PM<br class=""><b class="">To:<span class="Apple-converted-space"> </span></b>User support mailing list for Open OnDemand <<a href="mailto:ood-users@lists.osc.edu" class="">ood-users@lists.osc.edu</a>><br class=""><b class="">Subject:<span class="Apple-converted-space"> </span></b>[OOD-users] Galaxy<o:p class=""></o:p></span></div></div><div class=""><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div></div><div class=""><div class=""><div class=""><div class=""><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 12pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><a name="_MailOriginalBody" class="">What are other sites doing in regard to integrating things like Galaxy into OnDemand? I'm taking a very basic approach which just creates a menu item that does a redirect to the galaxy site. Users login, save their password and it seems integrated.<o:p class=""></o:p></a></p></div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 12pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span class="">That being said, I might want to do something more sophisticated so users don't get redirected or otherwise see the site so is anyone sharing authentication between OOD, Galaxy or doing some kind of proxy?<o:p class=""></o:p></span></p></div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 12pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span class="">It would be interesting perhaps to simply bring up individual instances of Galaxy just like any other "web app" such as r server or jupyter notebook.<o:p class=""></o:p></span></p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span class="">Thoughts?<o:p class=""></o:p></span></div><div class=""><div class=""><div class=""><div class=""><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span class=""><br clear="all" class=""><br class="">--<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></span></div><div class=""><div class=""><div class=""><div class=""><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span class=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Helvetica;" class="">Shawn G. Doughty<br class="">Senior Research Technology Specialist</span></span><span class="">, Research Technology<br class=""></span><span class=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Helvetica;" class="">Tufts Technology Services (TTS)</span></span><span class=""><br class="">16 Dearborn Road<br class="">Somerville, MA 02144</span><span class=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Helvetica;" class=""><br class="">617-627-5462<br class=""></span></span><span class=""></span><a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__exchange.tufts.edu_owa_redir.aspx-3FC-3DI4ijzFrF9U-2DqoUscfQAAw3PH17xA188ItQ-2Dl2VPx05symHhOFT2FNSr8FiNXjMnyEtzrTlLLj-2DQ.-26URL-3Dhttp-253a-252f-252fit.tufts.edu-252f&d=DwMGaQ&c=ODFT-G5SujMiGrKuoJJjVg&r=1foyGz7TARVR85rd767e9M3OCUsOwg1S5Nrm5z5Ibn4&m=sVfKl0zBtwwNDQnUYugqnZqKuV1NotySbH2uQEH5tzs&s=aWICQAoDpObeAD_TyjvtQLO8Y2hdkXxE1vU-qNO99Cs&e=" target="_blank" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span class=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Helvetica;" class="">http://it.tufts.edu/</span></span><span class=""></span></a><span class=""><o:p class=""></o:p></span></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class=""><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">OOD-users mailing list</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class=""><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class=""><a href="mailto:OOD-users@lists.osc.edu" class="">OOD-users@lists.osc.edu</a></span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class=""><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class=""><a href="https://lists.osu.edu/mailman/listinfo/ood-users" class="">https://lists.osu.edu/mailman/listinfo/ood-users</a></span></div></blockquote></div><br class=""></div></div></body></html>